Javaのソースコード上からFXMLファイル、CSSファイルを読み込む時のコード記述例。

[1回]

public class Main extends Application {
	public void start(Stage primaryStage) {
		try {
			FXMLLoader loader = new FXMLLoader(getClass().getResource("Sample.fxml"));
			VBox vbox = loader.load();
			Scene scene = new Scene(vbox,400,200);

			primaryStage.setScene(scene);
			primaryStage.show();
		} catch(Exception e) {
			e.printStackTrace();
		}
	}
}

FXMLファイルを読み込む時はFXMLLoaderクラスのload()メソッドを使います。
FXMLLoaderクラスのインスタンスを生成する際に使っている、引数の「getClass()」はObjectクラスのメソッドで、インスタンスのクラス情報を返してくれます。
今回の場合はthis.getClass()の省略形なので、Mainクラスが返ってくる（のはず）。


因みにControllerを利用する場合は、以下のようにFXMLLoaderでControllerを取得します。
Controllerクラスの設定はFXMLファイル内で行う。

public class Main extends Application {
	public void start(Stage primaryStage) {
		try {
			FXMLLoader loader = new FXMLLoader(getClass().getResource("Sample.fxml"));
			VBox vbox = loader.load();
			loader.getController();
			Scene scene = new Scene(vbox);

			primaryStage.setScene(scene);
			primaryStage.show();
			
		} catch(Exception e) {
			e.printStackTrace();
		}
	}
}

<VBox xmlns:fx="http://javafx.com/fxml/1" fx:controller="application.SampleController">
	---処理---
</VBox>

Javaの場合

public class Main extends Application {
	public void start(Stage primaryStage) {
		VBox vbox = new VBox();
		Label label =new Label("ラベル");
		vbox.getChildren().add(label);			
		Scene scene = new Scene(vbox);

		//CSSファイルを読み込む
		scene.getStylesheets()
			.add(getClass().getResource("application.css").toExternalForm());

		//labelにCSSを適用させる
		label.getStyleClass().add("label");
			
		primaryStage.setScene(scene);
		primaryStage.show();
	}
	
	public static void main(String[] args) {
		launch(args);
	}
}

読み込ませたいノード（今回はscene）にgetStyleSheets()メソッドで指定してあげます。
こちらも前述したものと同様にgetClass()を引数に渡し、該当ファイルのURLをtoExternalForm()で文字列に変換します。

そして適用させたいノード（label）にgetStyleClass()で設定してあげたら完了です。

FXMLの場合

<VBox xmlns:fx="http://javafx.com/fxml/1" fx:controller="application.SampleController">
	<stylesheets>
		<URL value="@button.css"/>
	</stylesheets>
	<children>
		<fx:include source="menubar.fxml"/>
	</children>
</VBox>

FXML内で設定する場合は、<stylesheets></stylesheets>でスタイルシートのファイルURLを囲みます。
この時、ファイル名の先頭に「＠」を付けることが必要です。